Biochemia
Podobnie jak badania anatomii porównawczej wykazały istnienie homologii anatomicznych, biochemiczne badania różnych organizmów odkryły homologie biochemiczne. W istocie rzeczy biochemiczne podobieństwo organizmów żywych stanowi jedną z najbardziej znamiennych cech życia. W prawie każdym organizmie żywym: roślinie, zwierzęciu czy przedstawicielu Protista, znajdują się enzymy cytochromowe, z których jeden, cytochrom c, jest zbudowany z łańcucha polipeptydowego składającego się ze 104-112 aminokwasów (w zależności od organizmu). W ostatnich latach określono dokładną sekwencję aminokwasów w łańcuchach cytochromów c tak różnych organizmów, jak człowiek, królik, pingwin królewski, grzechotnik, tuńczyk, mól, pleśń Neurospora i wiele innych. Chociaż stwierdzono dużą zmienność w sekwencji aminokwasów, szczególnie u organizmów, które uważa się za dość odległe, istnieje również wiele podobieństw. Sekwencja aminokwasów u człowieka różni się od sekwencji u małpy tylko w jednym miejscu łańcucha. Cytochrom c pszenicy różni się od cytochromu c człowieka 35 aminokwasami, jednakże inne 35 aminokwasów w łańcuchu okazały się takie same w każdym badanym gatunku, włączając jeden odcinek 11 kolejnych aminokwasów, wspólny wszystkim znanym organizm om. Widzieliśmy, jak sekwencja nukleotydów w cząsteczkach DNA koduje sekwencję aminokwasów w białkach. Istnienie u tak różnych organizmów genów cytochromu c — genów zawierających pod wieloma względami tę samą informację genetyczną — byłoby właściwie niewytłumaczalne bez przyjęcia teorii ewolucji. Zjawisko to z pewnością oznacza, że wszyscy ten gen odziedziczyliśmy od wspólnego przodka, aczkolwiek z nagromadzonymi mutacjami.